La FPMA a comme orientation théologique « une communion en mission ». Cette communion à vivre au sein de l’Église procède de celle qui unit le Père, le Fils et le Saint- Esprit. Elle est don de la communion divine, et Dieu donne en Se donnant. C’est la communion des croyants au sein de l’Église unie qui le met en évidence.

La FPMA veut être constituée comme prémices de L’Église Protestante Malgache Unifiée en vue de rendre témoignage à l’Evangile de Jésus Christ. L’œuvre missionnaire définit la nature et l’identité de l’Église. Une église, en tant que telle, doit être missionnaire.
Notre baptême signifie en même temps notre introduction dans la communion des saints et notre consécration pour la mission. Tous les baptisés de l’Église sont appelés à participer àson ministère. Parmi eux, certains exercent des ministères ordonnés ou consacrés tels que ceux de pasteur, diacre, berger, prédicateur et autres.

La FPMA est constituée de paroisses locales, regroupées en Églises Régionales et Nationales. Les églises membres de la FPMA participent au système presbytérien-synodal.La communion dans l’Église n’est donc pas une façon de travailler, comme une simple alliance plébiscitée par les hommes et que l’on peut rompre si on la juge infructueuse. Elle est, au contraire, enracinée dans l’identité même de l’Église. La communion n’est pas un choix ; elle est à la fois vie de l’Église et signe identitaire.